De overheid weet van duizenden veehouderijen niet of ze de juiste stikstofvergunningen hebben. Er is een grote kans dat een deel van die boerderijen meer stikstof uitstoot dan waar ze toestemming voor hebben, blijkt uit onderzoek van de NOS. Die bedrijven alsnog voorzien van de juiste vergunningen kost veel geld.

Slechts enkele provincies maken haast om alsnog alle vergunningen in beeld te krijgen. Als blijkt dat bedrijven niet de juiste vergunningen hebben, zouden ze hun activiteiten moeten stoppen of moet er stikstofruimte worden gevonden om het bedrijf alsnog een vergunning te kunnen geven. Dat kan bijvoorbeeld door een andere boer uit te kopen.

Verschillende provinciebestuurders zeggen dat ze niet van plan zijn bedrijven zonder de juiste vergunningen te dwingen tot stoppen. Ze willen die bedrijven legaliseren, waarbij de overheid de kosten zou moeten dragen. Als het al lukt om die stikstofruimte te vinden, kan dat miljoenen per bedrijf kosten.

Volgens experts is het onmogelijk om de stikstofproblemen structureel op te lossen zonder een goed overzicht van alle vergunningen.

Zowel gemeentes als provincies hebben in het verleden vergunningen aan boeren gegeven die hun toestemming geven om dieren te houden. Nergens werd centraal bijgehouden om hoeveel vergunningen het ging. Ook in de afgelopen drie jaar, waarin de stikstofuitstoot leidde tot grote juridische problemen, werd geen orde op zaken gesteld.

Uit documenten die de provincie Flevoland online zette na een beroep op de Wet open overheid (Woo) blijkt dat van zo'n 250 veehouderijen niet duidelijk is of zij toestemming hebben voor stikstofuitstoot. Dat is ongeveer de helft van alle veehouderijen. De provincie heeft twee ambtenaren aangenomen om dat uit te zoeken, dat kost hen naar schatting zeven jaar.

In de meeste andere provincies speelt hetzelfde probleem, blijkt uit navraag bij alle provinciebesturen. Gedeputeerde Peter Drenth (CDA) van Gelderland, een provincie met zo'n 9000 boerenbedrijven, noemt het "onbegonnen werk" om het op korte termijn uit te zoeken.

Noord-Brabant zegt als enige provincie dat het wel een compleet overzicht heeft. Utrecht probeert dat binnen een half jaar ook te krijgen.

Overijssel is sinds 2020 wel aan het onderzoeken of de ruim 5000 boerderijen daar de juiste vergunningen hebben. Dat begon met de 166 bedrijven die dicht bij beschermde natuurgebieden liggen. Voor driekwart van die boeren is de vergunningsstatus inmiddels duidelijk, maar voor een kwart nog altijd niet. Naar meer dan 1100 boerenbedrijven op grotere afstand van beschermde natuurgebieden is nog helemaal niet gekeken.

Ook voor niet-agrarische bedrijven zijn niet alle stikstofvergunningen bij provincies in beeld. Bekend voorbeeld is luchthaven Schiphol, dat op dit moment geen natuurvergunning heeft en daarom de laatste tijd boerderijen heeft opgekocht om alsnog stikstofruimte voor zichzelf te creëren. Wel hebben alle agrarische bedrijven samen een veel groter aandeel in de stikstofneerslag in natuurgebieden dan bijvoorbeeld de industrie of de luchtvaart.

In totaal gaat het in het hele land om duizenden boerenbedrijven. Dat zullen niet allemaal illegale bedrijven zijn. Boeren kunnen zonder vergunning toch het recht hebben om stikstof uit te stoten, als hun bedrijf bijvoorbeeld al decennia op dezelfde plek staat en nooit is gegroeid.

Maar er is ook een groep die stikstof uitstoot zonder de juiste toestemming. "Gemeentes en provincies hebben hier jarenlang weinig oog voor gehad", zegt Raoul Beunen, universitair hoofddocent aan de Open Universiteit. "Zowel bij ondernemers, adviseurs als de overheid bestond lang het idee: als we andere papieren op orde hebben, dan hoeven we niet specifiek een natuurvergunning aan te vragen."

Provincies zouden nu orde op zaken moeten stellen, vindt hij. "De stikstofuitstoot in Nederland moet naar beneden. Ik zou het niet zo raar vinden als je dan eerst kijkt naar bedrijven die bijvoorbeeld zonder vergunning hebben uitgebreid en dat je daar gaat handhaven."

Net als de meeste andere provincies wil Flevoland niet strikt gaan handhaven, zegt gedeputeerde Gebke van Gaal (GroenLinks). Als er bedrijven zonder vergunning aan het licht komen, dan moet de Rijksoverheid volgens haar bijspringen om die bedrijven alsnog van een vergunning te voorzien. Haar ambtgenoot Peter Drenth wil het woord "illegaal" niet gebruiken voor veehouderijen zonder vergunning. Hij wil ook zoeken naar een manier om de bedrijven alsnog een vergunning te geven.

Dat zou wel veel belastinggeld kosten. Er is al een groep boeren zonder vergunning, de zogenoemde PAS-melders, aan wie de overheid heeft beloofd dat ze alsnog een vergunning krijgen. Dat zijn zo'n 2500 bedrijven en die legaliseren zal zeker honderden miljoenen kosten. Overheden hebben geen idee hoeveel boeren daar nog bij komen als ze uitpluizen of alle veehouderijen wel toestemming hebben om stikstof uit te stoten.

Overheden hebben de vergunningsgegevens ook nodig om hun stikstofbeleid de komende jaren vorm te geven, zeggen experts. "De provincies moeten de komende tijd gebiedsplannen maken om de stikstofproblemen op te lossen", zegt ecoloog Han Olff van de Rijksuniversiteit Groningen. "Dan zouden zelfs boerenbedrijven uiteindelijk onteigend kunnen worden. Het lijkt mij dat de bedrijven zonder vergunning dan het eerst in aanmerking komen. Maar dan moet je wel weten wie er zonder vergunning zit."

Verschillende provincies zeggen in een reactie dat het de verantwoordelijkheid van de boeren zelf is om te zorgen dat ze de juiste vergunningen hebben. Steekproefsgewijs wordt daarop gecontroleerd.

Volgens onderzoeker omgevingsbeleid Beunen is dat niet genoeg. "Het kan ook geen excuus zijn dat het veel werk is. Overheden hebben dit zelf in het verleden nagelaten en zouden dat nu alsnog moeten doen."